ניתוח לכריתת ציסטה שחלתית הינו בטוח במהלך הריון ובטוח במיוחד בטרימסטר השני להריון (שבוע 14 עד 26).
הסכנות העיקריות, כמו בכל לפרוסקופיה הם פגיעה באיברים הסמוכים, כלומר מעי, שלפוחית שתן ורחם, ובכלי הדם הגדולים, כמו גם סיכוי לזיהום. אל מדובר בסיכון נמוך וסיבוכים נדירים מאוד.
הסיכון לאובדן ההריון כמעט לא קיים בפרוצדורות כאלו.
חשוב לציין כי ציסטה יכולה להיות ממצא סרטני, ולכן חשוב לטפל בה בהקדם, גם במהלך הריון.